诊所管理员是权限最大的角色，具备其他如医生、财务、药师、仓库管理员等角色的所有系统权限，可以进行仓库管理、接诊、收费开药等操作，一般由诊所老板担任。
诊所管理员首次使用好医宝小程序时，需要对本系统进行基本的配置：
1. 初始化药品，诊所管理员和仓库管理员有权限进行该步操作，该步骤是为了能够正常入库药品（必做）；
2. 入库商品，使用库存的情况下，只有库存大于零的商品接诊时才能成功选择开药（诊所管理员和仓库管理员有权限，若初始化药品时已填写期初库存可省略此操作）；
3. 初始设置，web端进行，配置是否使用库存（默认是）、出入库是否审核（默认否）、是否使用药品价格（默认是）和打印格式（默认激光打印，可更改为热敏打印）；
完成以上操作之后，好医宝小程序即可投入到诊所日常管理中。以上步骤会在下面文中一一讲解如何操作。
在【个人中心】→【我的账号】模块中可以更改当前账号的姓名、性别、密码，查看所属诊所的信息。